Jūdaikas studiju centram ir izveidojusies sadarbība ar daudziem pētniekiem, zinātnes, izglītības un kultūras institūcijām gan Latvijā, gan ārzemēs.
Centra ilgtermiņa sadarbības partneru vidū ir:
- LU fakultātes (Sociālo zinātņu fakultāte, Humanitāro zinātņu fakultāte, Vēstures un filozofijas fakultāte, Teoloģijas fakultāte)
- Muzejs "Ebreji Latvijā"
- Latvijas Ebreju draudžu un kopienu padome
- Latvijas Zinātņu akadēmija
- Daugavpils Universitāte
- Izraēlas Valsts vēstniecība Latvijā
- Jeruzalemes Ebreju Universitāte (The Hebrew University of Jerusalem)
- Latvijas un Igaunijas ebreju asociācija Izraēlā
- PAIDEIA - Eiropas jūdaikas studiju centrs Zviedrijā (The European Institute for Jewish Studies in Sweden)
- Jūdaikas zinātnisko darbinieku un augstskolu pasniedzēju centrs "Sefer" (Maskava)
- Jewish Survivors of Latvia, Inc. (ASV)
- u.c.
Sīkāk par sadarbības gaitā īstenotajām programmām iespējams skatīt sadaļā "Projekti un aktivitātes".