Jūdaikas studiju centrā kopš tā izveidošanas tiek veidota bibliotēka ar grāmatu klāstu dažādās jūdaikas sfērās (ebreju vēsture, Izraēla, cionisms, izraēliešu-palestīniešu konflikts, Talmuds, Toras komentāri, ebreju lūgšanu grāmatas u.c.). Īpaša uzmanība pievērsta publikācijām Latvijas un Austrumeiropas ebreju vēsturē un Holokausta tematikā. Bibliotēkas krājumā ietilpst arī informatīvi materiāli par Izraēlu, uzziņu literatūra (vārdnīcas un enciklopēdijas) un žurnāli par ebreju kultūru un vēsturi. Materiāli ir latviešu, krievu, angļu, vācu, franču un ivrita valodā.
Bibliotēkas pamatfonda grāmatas tika saņemtas kā dāvinājums no Rīgas un Latvijas virsrabīna Natana Barkāna, Izraēlas vēstniecības Latvijā un privātpersonām. Daļa no grāmatām iegādātas, pateicoties Sorosa fonda-Latvija un "Dutch Jewish Humanitarian Fund" atbalstam. Savukārt, pateicoties sadarbībai ar Sanktpēterburgas ebreju kopienu, Jūdaikas studiju centrs regulāri saņem žurnālu "Народ Книги в мире книг", kas veltīts jaunāko ebreju tematikas izdevumu apskatam.
Lielākā daļa Jūdaikas studiju centra bibliotēkas krājuma ir pievienota LU bibliotēkai (Raiņa bulv. 19), un izdevumu meklēšanai iespējams izmantot Kopkatalogu.
Krājums ir pieejams gan pētniekiem un studentiem, gan ikvienam interesentam. Jautājumu gadījumā lūdzam rakstīt uz jsc@latnet.lv.